exploration – Marine Biology Lab

Camille is off to the ACE Expedition

Posted on January 16, 2017 by Bruno Danis

This season 2017, Camille Moreau, PhD student at the Universities of Brussels (ULB) and Dijon, is joining a major Swiss-led research expedition circum-navigating the Antarctic: the ACE (Antarctic Circumnavigation Expedition).

In the framework of his PhD project, Camille will take part as a member of the ASCCC (Antarctic Seabed Carbon Capture Change) team gathering scientists from master students to senior scientists. Their research will investigate the importance of sea bed animals in carbon cycling and how climate change will impact these processes in the Southern Ocean.

The project is led by David Barnes, a marine biologist at the British Antarctic Survey and zoology/ecology professor at the University of Cambridge. He took part in the first leg of the expedition, from Cape Town to Hobart. Camille will join the team in Hobart, Tasmania for the second leg of the expedition, a which will take the ship to Punta Arenas, Chile. The team will have the opportunity to visit rarely studied sub-Antarctic islands (Macquarie, Balleny, Scott, Peter the 1^st and Diego Ramirez). They will also carry on researches around the Mertz Glacier in Antarctica.

Collection of benthic organisms using a trawl, investigation of marine debris ashore and use of a remotely operated vehicle (ROV) will organise their daily life for the next few weeks.

For more information regarding the expedition and the ASCCC project follow this link or follow their progress on twitter @ACE_Expedition and @asccc_news.

PhD scholarship available at the VUB, Marine Biology Lab, in the framework of the RECTO project

Posted on April 12, 2016 by Bruno Danis

PhD scholarship (4 years) in molecular ecology at the Vrije Universiteit Brussel (VUB), Department of Biology, Marine Biology Lab, Belgium.

We are searching for a highly motivated PhD student that will work on evolution, population genetics and connectivity in Antarctic sea stars utilising a genomics approach (DNA barcoding, microsatellites and next generation sequencing) in the framework of the interdisciplinary project

Refugia and Ecosystem Tolerance in the Southern Ocean (RECTO).

Because of its long history and geographic isolation, the Southern Ocean (SO) provides a natural laboratory for research on evolution and biodiversity. Confronted with fast-paced environmental changes, biota in Antarctic ecosystems are strongly challenged and face three possible outcomes: adaptation, migration or extinction. Past glaciation periods have already forced marine zoobenthos of the SO into refugia, being either ice-free continental shelf areas, the deep sea or sub- or peri- Antarctic regions, followed by recolonization when the ice retreated. In a multidisciplinary approach and involving all major Belgian research groups studying evolution and diversity of SO faunas, RECTO will strive at understanding how such past events have driven diversification and adaptation in different animal groups and how these can be applied as proxies to understand the contemporary situation and predict future scenarios.

The Marine Biology Lab at the VUB specialises in research on molecular ecology of marine fauna from the poles to the tropics and from invertebrates to fishes. In the new collaborative research project RECTO the evolutionary history of Antarctic sea stars will be studied.

More details here: PhD scholarship advertisement

PROTEKER – Quelques moments de la campagne 2015 par Chantal DE RIDDER

Posted on December 8, 2015 by Bruno Danis

Le navire français Marion Dufresne 2 réalise cinq rotations par an au départ de la Réunion. Ces rotations permettent de ravitailler les bases des Terres australes et antarctique françaises (TAAF) dans l’Océan Indien (dont Crozet, Kerguelen et Amsterdam) et d’en assurer la logistique; elles permettent aussi le transport de personnes (notamment celui des scientifiques). Une rotation dure environ 4 semaines. C’est la rotation OP3 qui nous amène aux Kerguelen. (http://www.taaf.fr)

Trajet d’une rotation passant par Crozet, Kerguelen et Amsterdam (taaf_IPEV_00e46)

Départ de La Réunion, le 13/11 à bord du Marion Dufresne

Sa 14 ; di 15 calme. Encore dans les eaux tropicales ; lu 16 – ma 17- me 18 (de plus en plus frais, on passe la convergence subtropicale ; grosse houle … mais rien d’insupportable… Je m’attendais aux pires tempêtes! Entrée progressive dans les 40^èmes rugissants (Les Kerguelen se trouvent à la marge des 50^èmes hurlants … des précisions qui laissent rêveur !)

Me 18/11 : Ile de la Possession (Archipel de Crozet): débarquement en hélicoptère à la base Alfred Faure, on passe la journée sur l’ile, on rejoint Port-Alfred (Baie du Marin, platier du Bollard), pour récolter des patelles (étudiées par E. Poulin, notre collègue chilien). Temps venteux mais soleil magnifique. Curieux, les manchots royaux nous observent de près !

Crozet: récolte de patelles à marée basse (Photos J. Fournier)

Crozet: récolte de patelles à marée basse (Photos J. Fournier)

Crozet: manchots royaux

Ve 20/11 : On reprend la mer- Cap sur Kerguelen. On ne s’ennuie pas à bord… Samedi 21/11 de 9h30 à 11h exposé par le médecin de bord sur les 1ers soins en cas d’urgence – théorie; à 11h, exposé de notre équipe sur nos recherches aux Kerguelen; 14h-15h30: 1ers soins – ‘pratique’ (instructif). Dimanche 22/11 : navigation en eaux calmes, acrobaties des albatros (sourcils noirs et grand albatros), des pétrels et des damiers du Cap autour du bateau.

Lu 23/11: Port Christmas – Voici enfin la côte nord de Grande Terre, l’ile principale de l’archipel des Kerguelen. Débarquement en hélico de l’équipe TREKKER, qui va traverser l’ile du nord au sud (elle va rejoindre Port-aux-Français, le 17/12 : http://www.latitudes-nord.fr/carnets-et-photos/trekker-traversee-de-l-ile-de-kerguelen), et 1^ère plongée (depuis le zodiac du Marion Dufresne) pour deux membres de notre équipe, Thomas Saucède et Gilles Marty (T° de l’eau: 5°C) – au programme : relevé et remplacement des thermomètres et des placettes de colonisation ; les oursins ne seront pas au rendez-vous. Le bateau poursuit sa route vers le sud en longeant Grande Terre, encore une étape avant Port- aux-Français (PAF).

Arrivée à Port Christmas

Mise à l’eau du zodiac

Retour de plongée

Ma 24/11: Port Couvreux – Dans la brume se dessine sur la côte ce qui reste d’une ferme construite vers 1912 pour y élever des moutons, une entreprise qui périclitera après plusieurs rebondissements tragiques, les derniers habitants seront évacués en 1931 …

Du matériel est héliporté vers une des cabanes de Grande Terre; une quarantaine de cabanes y sont réparties; elles permettent aux scientifiques de rester plusieurs jours sur le terrain pour y effectuer des observations. Malheureusement pour nous, la plongée à Port Couvreux est annulée en raison des mauvaises conditions météo.

L’hélicoptère en action

Port Couvreux

Port-aux-Français, Kerguelen, le 25 novembre. Débarquement en hélicoptère, rotations hélico-bateau toutes les 5 min, cela va très vite, à peine le temps de réaliser qu’on est en vol … On atterrit, pas très loin de ‘nos’ premiers éléphants de mer! Transition rapide entre les 10 jours de mer et la terre ferme. Il y a beaucoup de vent et une jolie lumière qui joue avec les couleurs, des éléphants de mer omniprésents et notamment des bonbons (jeunes éléphants de mer dans le jargon local) et… des lapins qui gambadent une peu partout! Paysages à la végétation rase de toundra, où vert, jaune et ocre dominent mais leurs nuances varient sans arrêt avec la lumière changeante.

Les déchargements à partir de Marion Dufresne sont subitement interrompus, en cause, le vent (c’est peu dire, difficile de marcher!). Le chaland (‘L’Aventure II’) revient s’amarrer devant le port et l’hélicoptère retourne sur le pont du Marion. La mer moutonne et les rafales de vent en balaient la surface formant de larges bandes ridées bleues presque noires. Notre matériel est encore à bord. Le vent devrait mollir demain. C’est la météo qui dicte les activités, une règle incontournable ici. Pour patienter, nous avons installé notre labo dans le bâtiment BIOMAR qui héberge tous les scientifiques, et récupéré du matériel laissé par la mission PROTEKER de l’année dernière. La base de Port-aux-Français (PAF) est peuplée d’hivernants, de divers techniciens, de scientifiques de passage, …). La vie à PAF est organisée et confortable, avec ses codes et son langage … abréviations et surnoms avec lesquels il faut se familiariser. Je découvre que je suis une biolo (biologiste), qu’il y a un bib et un bibou (médecin et aide médecin), un pateux (boulanger) et des bouts de bois (menuisiers), que PAF est un village comportant outre les bâtiments de logements (L1, L2,… où les gens sont généralement regroupés par corps de métier), une bibliothèque, un restaurant (Tyker), un bar (Totoche), une salle de projection (cineker), des bâtiments techniques de toutes sortes (BT) notons que parmi ces derniers, il y a kerpou où se fait le tri des ordures (une bonne partie d’entre-elles sont rapatriées)

… Bientôt les premières plongées et les oursins! Affaire à suivre…

Vue aérienne de PAF (photo TAAF)

Le bâtiment Biomar

Premières récoltes à marée basse à PAF…

Et nos voisins …

Premières plongées … Premiers oursins !

A bord du zodiac Commerson (Ile Haute) – Photo J. Fournier

Relevé des placettes de colonisation- Photo E. Poulin

Ctenocidaris nutrix – Photo E. Poulin

Description du projet PROTEKER

http://www.proteker.net/?lang=fr

http://www.proteker.net/-PROTEKER-programme-IPEV-1044-.html?lang=en

L’équipe PROTEKER 2015 à bord du chaland, L’Aventure II
De gauche à droite : Gilles MARTY (TAAF), Chantal De Ridder (ULB), Thomas Saucède (uB), Salomé Fabri-Ruiz (uB, ULB) et Jérôme Fournier (CNRS MNHN)

L’équipe comporte aussi deux autres agents des TAAF indispensables: Romain Vergé, pilote du Commerson et Luc Baudot, son aide efficace !
De gauche à droite : Thomas Saucède (uB), Gilles MARTY (TAAF), Luc Baudot (TAAF), Chantal De Ridder (ULB), Romain Vergé (TAAF), au terme de la mission

Projet PROTEKER

Posted on December 8, 2015 by Bruno Danis

Le projet PROTEKER est un programme pilote qui a pour objectif de constituer une une ligne de base pour le suivi
et l’évaluation des changements climatiques attendus sur les écosystèmes marins côtiers des Kerguelen. Il doit permettre l’inventaire (observation, échantillonnage, systématique et analyses génétiques) et le suivi (instrumentation, observation, échantillonnage, analyses trophiques et isotopiques) de ces écosystèmes. Il a aussi pour ambition finale de fournir des critères scientifiques pour les politiques de protection et de conservation des environnements côtiers des Kerguelen. La première phase du projet (2011-2014) a permis de réunir toutes les anciennes données disponibles et de sélectionner et instrumenter des stations de référence pour la mise en oeuvre d’une seconde phase plus opérationnelle. Cette seconde phase consiste prioritairement en un suivi (relevé des instruments installés, observations et prélévements associés dans le cas des placettes de colonisation) des sites, en la cartographie des habitats benthiques associés (sonar, ROV et prélévements en plongée) et en un renforcement des mesures d’observations (instrumentation et caractérisations génétiques, trophiques et écologiques de taxons indicateurs). Les résultats attendus doivent permettre de produire des modèles de distribution des habitats et de la biodiversité marine côtière des Kerguelen ainsi que de leur sensibilité aux changements environnementaux attendus (analyses éco-physiologiques – pH, tempérautre – réalisées sur base à BIOMAR).

vERSO Team arrives at DDU

Posted on December 14, 2014 by Bruno Danis

The vERSO team has finally arrived at the Dumont D’Urville station (Terre Adélie, Antarctica), after crossing the Southern Ocean onboard the IPEV’s RV Astrolabe. Here are their first impressions (translated from French):

“I’m finally installed at the Dumont d’Urville (DDU) station in Terre Adélie, part of the “Terres Australes et antarctiques françaises” (TAAFs).

It took me 13 days to get their: 2,5 days in the planes, 4 days waiting in Hobart (Tasmania) awaiting the fixing of the ship’s generator, and 6 days at sea, on one of the most unconfortable ships I’ve ever been onboard, the Astrolabe. Even if the weather was good, the ship would roll, up to 35° on both sides! When you’re in such a roller coaster, the only things you can do is avoid getting sea sick and trying not to bang yourself everywhere… Little sleep, as we are constantly rolling from one side to the other in our berths. On the bright side, beautiful albatrosses are following us along the way.

Once arrived at DDU, the transfer to the station is carried out using helicopters, the sea ice extending up to 28km from the station. The helicopter carry the equipement (up to 1T per rotation). After two days, we were able to gather our personal equipment and part of our research and diving gear.

Firs sounding show that the sea ice thickness in the places where we are planning to dive is around 2 to 3m!

The station is located in a beautiful area, where I meet Adélie penguins, fulmars and snow petrels every day. From my room, I have a view on the continental glacier (l’Astrolabe) and on penguin colonies (noisy and smelly!). The logistics here are impressive, and we received a lot of lab space. We still need to find a solution to bring sea water to the container where we will be running acidification experiments in controlled conditions. Our only fear now is that time is flying by extremely quickly!

Wishing you the best for the end of the year,

Philippe”

New paper in Advances in Polar Science

Posted on December 5, 2014 by Bruno Danis

A new paper by lead author Angelika Brandt was recently published in Advances in Polar Sciences. The paper addresses the main issues faced in the framework of deep-sea biodiversity monitoring:

Despite recent progress in deep-sea biodiversity assessments in the Southern Ocean (SO), there remain gaps in our knowledge that hamper efficient deep-sea monitoring in times of rapid climate change. These include geographical sampling bias, depth and size-dependent faunal gaps in biology, ecology, distribution, and phylogeography, and the evolution of SO species. The phenomena of species patchiness and rarity are still not well understood, possibly because of our limited understanding of physiological adaptations and thresholds. Even though some shallow water species have been investigated physiologically, community-scale studies on the effects of multiple stressors related to ongoing environmental change, including temperature rise, ocean acidification, and shifts in deposition of phytoplankton, are completely unknown for deep-sea organisms. Thus, the establishment of long-term and coordinated monitoring programs, such as those rapidly growing under the umbrella of the Southern Ocean Observing System (SOOS) or the Deep Ocean Observing Strategy (DOOS), may represent unique tools for measuring the status and trends of deep-sea and SO ecosystems.

Citation: Brandt, A., Griffiths, H., Gutt, J., Linse, K., Ballerini, T., Danis, B., & Pfannkuche, O. (2014). Challenges of deep-sea biodiversity assessments in the Southern Ocean. Advances in Polar Sciences, 25(3), 204–212. doi:10.13679/j.advps.2014.3.00204

PostDoc opportunity!

Posted on March 7, 2014 by Bruno Danis

vERSO PostDoc

The deadline is now passed, we will not be accepting more candidates!

Background

Based at the Université Libre de Bruxelles (ULB), the BIOMAR marine biology lab carries out its research on the bioecology of marine benthic invertebrates, with a special focus on echinoderms.

Our lab will be coordinating the new vERSO research project which aims to assess the impact of the main stressors driven by global change on benthic Antarctic ecosystems using representative taxa from different size classes of the benthos.

We will assess the simultaneous effects of temperature, acidification, sedimentation and food quality and quantity on nutrient fluxes and metabolism of sediment communities, providing insights in both sensitivity and resilience of these ecosystems. It is intended to integrate these aspects to develop dynamic species distribution models (SDMs), under non-equilibrium conditions. These models can help reveal tipping points leading to irreversible changes in ecosystems functioning.

We are looking for a postdoctoral scientist, for a period of 2 years

Topic

Global change affects Antarctic communities through numerous interacting stressors, the most important ones being temperature increase, acidification, increase in sedimentation rate and change in nutrients and food supply linked to glacier melting, reduced seasonal ice cover and ice shelf collapses. For the Antarctic the impact of stressors such as temperature rise and acidification have so far mainly been considered at the individual or species level and, in most cases, only a single impact factor was studied and occasionally two. These studies provided evidence that numerous taxa as well as global diversity will be affected. However, no community-level studies addressed the combined effects of the aforementioned stressors on Antarctic benthos. Furthermore, it is obvious that stressors will act synergistically and that their combined effects should be determined.

Emphasis will be put on in situ experiments during polar expeditions, in two contrasting areas of the Southern Ocean. In parallel, dynamic SDMs will be developed to gain insights on the potential future distributions of models organisms under various Global Change scenarios.

Profile

PhD in Marine Biology
Spent over 24 months abroad (not in Belgium) during the last 3 years
Interest in polar ecosystems and biodiversity informatics
Ready to participate in long sampling campaigns at sea or station-based
Experience in project coordination and interest in modelling is an asset

Deadline

If you are interested, please send a brief CV, and a letter of motivation to the project coordinator (Dr Bruno Danis, bdanis@ulb.ac.be), no later than April 30th, 2014.

Mission Portman: a short report…

Posted on November 15, 2013 by Bruno Danis

Poster explaining the ongoing remediation programs in the Bay Portman

A small team from the BIOMAR Lab set a research mission to the Bay of Portman, Spain. The team was composed of Philippe Pernet (technician), three master students (Valérie Rossez, Andrea Garvetto and Maxime Coupremanne) under the supervision of Bruno Danis. The team reached the Bay on October 16th, 2013 for a 10-day stay.

The Bay of Portman was chosen for its exceptional environmental characteristics, from a contamination standpoint. A conference was recently held on the subject, involving our colleagues Drs Maria Jose Martinez and Carmen Perez, both from the Research Group of Soil Pollution in the University of Murcia.

A series of sampling and measurement were carried out in the framework of the master students respective projects:

Valérie Rossez worked on comparative acid-base physiology in two species of sea urchins (Paracentrotus lividus and Arbacia lixula), investigating the relationship between this physiological parameters and the uptake of contaminants but the sea urchins

Paracentrotus lividus (image from Encyclopedia of life, www.eol.org)

Arbacia lixula (picture from Encyclopedia of Life, www.eol.org)

Andrea Garvetto worked on microbial diversity, and took samples to investigate the link between the levels of contamination and microbial community structure in digestive pellets of two species of sea urchins (Paracentrotus lividus and Arbacia lixula), in various algae as well as in the seawater and sediments (various granulometries).

Maxime Coupremanne carried out a fine-scale mapping of the biodiversity and habitats of the Bay and its surroundings using underwater video transects using the lab’s ROV as well as videos shot by SCUBA divers.

Our ROV, Wally, in station S3, ready for deployment

Also, samples were taken for heavy metal levels analyses for each corresponding stations. The team was able to work in a total of 16 stations in the Bay, organised in a set of transects (from inside to outside the Bay as well as along the coast, following the main currents), and has come back to the Lab to process the samples. This pool of samples and video transects constitutes a unique benchmark to address potential future changes, for example in the mining activities of the Bay of Portman.

Sampling station in the Bay of Portman

OpenROV étape 6: assemblage du boitier étanche

Posted on March 18, 2013 by Bruno Danis

Cette partie de l’assemblage se fait également sans difficulté particulière. Elle consiste à coller entre eux des disques concentriques de diamètres différents, ce qui permettra d’intercaler des o-ring qui assureront l’étanchéité. Les orifices latéraux servent d’un part de passe-cable (et seront étanchéifiés à l’aide d’une pâte époxy) et d’autre part d’évent, pour éviter une surpression à l’intérieur du cylindre.

Vue générale du boitier d’étanchéité. Photo: Bruno Danis

Les deux bouchons du boitier, formés de cercles de différents diamètres. Photo: Bruno Danis

Montage à blanc, tout s’ajuste parfaitement. Photo: Bruno Danis

Le boitier d’étanchéité, la webcam est placée. Photo: Bruno Danis

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OpenROV étape 5: assemblage des blocs batterie

Posted on March 18, 2013 by Bruno Danis

Cette étape consiste à fabriquer deux tubes qui vont avoir pour fonction d’accueillir les 8 piles (LR01), qui vont alimenter le ROV (autonomie prévue, environ une heure dans une eau tempérée). Les blocs d’alimentation servent également de lest, et permettent au ROV de conserver son équilibre dans l’eau.
Nous avons fabriqué les blocs à partir de tubes PVC (32mm), bouchés de part et d’autre par des pieds de meubles détournés. La connectique consiste simplement en des contacteurs de piles récupérés d’un lecteur de CD (hors service), et du câble d’alimentation soudé à ces contacteurs (bouton et ressort), qui viendra se brancher au niveau du Cape. L’étanchéité est assurée par de l’époxy, qui est bourré au niveau des pieds en caoutchouc.

Les blocs d’alimentation terminés. Photo: Bruno Danis

Détail de l’un des bouchons et d’un contacteur, collé sur une rondelle d’acrylique. Photo: Bruno Danis

Les blocs sont fixés sur la coque du ROV, à l’aide de colsons adaptés. Photo: Bruno Danis

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